Ten, którego dzieło wzniesione na fundamencie przetrwa,
otrzyma zapłatę; ten zaś, którego dzieło spłonie, poniesie szkodę:
sam wprawdzie ocaleje, lecz tak jakby przez ogień.
(1Kor 3,14–15)
Ewangelie zawierają kilka fragmentów, w których bibliści dopatrują się aluzji do rozwiniętej później nauki o czyśćcu. Gdy Jezus mówi o grzechu przeciw Duchowi Świętemu, zapewnia, że temu, kto go popełnia, „nie będzie odpuszczone ani w tym wieku, ani w przyszłym” (Mt 12,32). Można stąd wysnuć wniosek, że istnieje możliwość otrzymania odpuszczenia grzechów w życiu przyszłym, czyli po śmierci. W innym miejscu Nauczyciel z Nazaretu zachęca, by pogodzić się ze swym przeciwnikiem „w drodze”, zanim ten wyda winowajcę sędziemu (Mt 5,25–26). Kontekst tej wypowiedzi Kazania na Górze jasno wskazuje, że nie chodzi o ziemskiego sędziego. Pojawiają się też trudne w interpretacji słowa Jezusa: „Bo każdy ogniem będzie posolony. Dobra jest sól; lecz jeśli sól smak swój utraci, czymże ją przyprawicie? Miejcie sól w sobie i zachowujcie pokój między sobą!” (Mk 9,49–50). Wielu badaczy komentuje je w następujący sposób: jeśli uczeń Jezusa nie będzie postępował zgodnie z Jego wolą, jak można go ocalić? Tylko przez eschatologiczny, pośmiertny ogień.
Do pojawienia się myśli o czyśćcu przyczynił się także Jan ewangelista. Ktokolwiek sięga po Janowe wizje opisane na kartach ostatniej księgi Nowego Testamentu, ten szybko zauważy, że przed Bogiem nie może się ostać nic nieczystego. Zbawieni oddający cześć Bogu „opłukali swe szaty i w Krwi Baranka je wybielili” (Ap 7,14). Każdy grzech musi zniknąć przed Jego obliczem. Ostoi się przed Nim tylko to, co święte, czyste i nieskalane. A skoro tak – oznacza to, że ludzie, którzy odchodzą z tego świata w stanie grzechu powszedniego, muszą zostać oczyszczeni, zanim staną przed Bogiem. Najmniejsze przewinienie musi zostać wymazane. Każdy brud grzechu – wybielony. Na to wskazuje logika. Właśnie ów moment oczyszczenia nazywany jest czyśćcem. Wielu teologów skłania się ku tezie (choć to znowu tylko hipoteza), że dokonuje się ono w chwili śmierci. Ich zdaniem jest to moment, w którym Bóg „wypala” wszelkie zło, aby umierający mógł stanąć przed Nim oczyszczony. Tradycyjne czasowe rozumienie czyśćca zostaje tu zastąpione różną intensywnością oczyszczenia.
A co na to św. Paweł? W Pierwszym Liście do Koryntian można znaleźć pewne podstawy nauki o stanie, który katolicy nazywają czyśćcem: „Fundamentu bowiem nikt nie może położyć innego, jak ten, który jest położony, a którym jest Jezus Chrystus. I tak jak ktoś na tym fundamencie buduje: ze złota, ze srebra, z drogich kamieni, z drzewa, z trawy lub ze słomy, tak też jawne się stanie dzieło każdego: odsłoni je dzień [Pański]; okaże się bowiem w ogniu, który je wypróbuje, jakie jest.Ten, którego dzieło wzniesione na fundamencie przetrwa, otrzyma zapłatę; ten zaś, którego dzieło spłonie, poniesie szkodę: sam wprawdzie ocaleje, lecz tak jakby przez ogień” (1Kor 3, 11–15). Zachęcając Koryntian, by budowali życie wiary na mocnym fundamencie, Paweł wymienia sześć materiałów budowlanych, które poddane zostaną próbie ognia: złoto, srebro, drogie kamienie, drewno, trawę i słomę. Łatwo się zorientować, że trzy pierwsze są odporne na działanie ognia, podczas gdy trzy następne łatwo się palą. Wielu egzegetów sądzi, że jest to aluzja do stanu oczyszczenia przed osiągnięciem pełnego zjednoczenia z Bogiem. Przemawiać ma za tym metafora ognia. Nie można jednak tego fragmentu uznać za formalny dowód na istnienie czyśćca, lecz jedynie za argument przemawiający za tą ideą.
Przytoczone powyżej fragmenty biblijne dały Kościołowi podstawę do rozwinięcia nauki o stanie czyśćca. Katechizm stwierdza jasno: „Ci, którzy umierają w łasce i przyjaźni z Bogiem, ale nie są jeszcze całkowicie oczyszczeni, chociaż są już pewni swego wiecznego zbawienia, przechodzą po śmierci oczyszczenie, by uzyskać świętość konieczną do wejścia do radości nieba” (Katechizm Kościoła katolickiego 1030). A jeśli o prawdach katechizmowych mowa, pamiętać należy, że są tylko trzy rzeczy ostateczne: śmierć, sąd Boży i niebo albo piekło. Czyściec to przedsionek nieba i trafiają do niego ci, którzy z całą pewnością będą zbawieni.