Najważniejszym ośrodkiem kultu Samarytan jest Garizim. Teologowie do dziś nie są zgodni co do tego, czy Samarytanie w czasach Jezusa stanowili odrębną grupę etniczną, czy raczej było to jedno ze stronnictw judaizmu. Sami Żydzi z pewnością nie uważali Samarytan za swoich. Kiedy w 536 r. Żydzi, po edykcie uwalniającym Cyrusa, mogli powrócić z niewoli, by odbudować świątynię, Samarytanie pragnęli włączyć się w ten projekt, jednak Zorobabel odrzucił ich ofertę. Midrasz opowiada o tym wydarzeniu:
„Tak wyglądały sprawy do momentu, kiedy nie powrócili z Babilonii […] ci, którzy zaczęli odbudowywać świątynię. Samarytanie, nazywani tak od imienia miasta Samarii, które zamieszkiwali, choć w rzeczywistości byli poganami, Samarytanie więc w liczbie stu osiemdziesięciu tysięcy, wypowiedzieli im wojnę. Pragnęli podstępnie zabić Nechemiasza i sprowokowali zatrzymanie prac nad świątynią przez dwa lata”.