Żydowski historyk, a zarazem jeden z dowódców oddziałów powstańczych, które w 66 roku wszczęły rozruchy przeciw Rzymowi, Józef Flawiusz wybrał sobie Kafarnaum za miejsce, w którym leczył ranę zadaną podczas jednej z bitew. Nazwa miejscowości oznacza tyle, co „wioska Nahuma”. Dawniej przebiegała tędy Via Maris, droga łącząca Damaszek z Egiptem. To jedno z najczęściej wymienianych w Ewangeliach miast. Tutaj dokonało się powołanie Mateusza (Mt 9,9-13), tu Jezus uzdrowił sługę setnika (Łk 7,1-10), teściową Piotra i człowieka sparaliżowanego, tu uwolnił opętanego w synagodze, a w pobliżu miasta wygłosił mowę eucharystyczną (J 6,24-69). Ponieważ miasto było świadkami wielu wydarzeń z życia Jezusa, nic dziwnego, że w pierwszych stuleciach istnienia chrześcijaństwa bardzo aktywnie działali w nim wyznawcy Chrystusa wywodzący się z judaizmu.
Historia domu mieszkalnego, na którym stanął kościół, jest fascynująca. Badania archeologów dowiodły, że w I w. po Chr. był tu dom rodzinny należący do tzw. insula(łac. „wyspa”), czyli kompleksu połączonych ze sobą domostw i zabudować gospodarczych. Judeochrześcijanie od początku znali to miejsce jako dom Piotra apostoła. Bardzo szybko dom przekształcono w domus ecclesia („dom – kościół”), miejsce spotkań i modłów chrześcijan. Potwierdzają to zarówno zapiski pątniczki Egerii, jak i graffiti znalezione na budynku kultowym, który w V w. przekształcono we właściwy kościół. Zbudowany on został na bazie dwóch ośmiokątów. Graffiti wykonano w językach greckim, aramejskim, syryjskim i łacińskim. Jedna z inskrypcji nazywa Piotra „obrońcą Rzymu”. Widoczna absyda pochodzi z V w. Warto zwrócić uwagę na mozaikową posadzkę ozdobioną motywami geometrycznymi i centralnie usytuowanym wizerunkiem pawia, roztaczającego dumnie swój ogon.