U zarzewia konfliktu między Kościołem a Synagogą leżeć musiało także odmienne rozumienie wybrania Izraela. W przekonaniu wyznawców judaizmu wybranie to obejmowało całość życia Izraela, który jest własnością Boga (Pwt 7,6; 14,2). Ponieważ Izrael odrzucił Chrystusa, Jego wyznawcy musieli z innej perspektywy spojrzeć na wybranie Izraela. Z tematem tym zmaga się Paweł w Rz 9,11; 11,5.7.28. Ponieważ wybranie Boże jest nieodwołalne, stąd Izrael nadal pozostaje narodem wybranym, jednak tylko ze względu na Boże miłosierdzie (Rz 9,16), nie zaś z powodu uczynków Izraela (Rz 9,11). Z woli Boga jednak również poganie zostali włączeni do Izraela, a ten pozostawał Izraelem tylko wtedy, gdy był wierny zamysłowi Bożemu sugerowanemu przez Iz 56,1-8. Boża obietnica została więc dana wszystkim, którzy mogą zaliczać się do tak rozumianego Izraela, a więc także poganom.
